Yeni Koronavirüs (Covid-19)

Bu yazı Sağlık Bakanlığı, Halk Sağlığı Genel Müdürlüğü, Bulaşıcı Hastalıklar Daire Başkanlığı’nın hazırladığı COVID-19 (2019-n COV Hastalığı) Rehberi’nin ilk bölümlerini içermektedir. Rehberin güncel haline ve konu ile ilgili detaylı bilgilere aşağıdaki bağlantıdan ulaşılabilir:
https://hsgm.saglik.gov.tr/tr/bulasici-hastaliklar/2019-n-cov.html

Giriş

Coronavirus’lar (CoV), soğuk algınlığından Orta Doğu Solunum Sendromu (MERS-CoV) ve Ağır Akut Solunum Sendromu (Severe Acute Respiratory Syndrome, SARS-CoV) gibi daha ciddi hastalıklara kadar çeşitli hastalıklara neden olan büyük bir virüs ailesidir.

Coronavirus’lar zoonotik olup, hayvanlardan bulaşarak insanlarda hastalık yapabilir. Detaylı araştırmalar sonucunda, SARS-CoV’un misk kedilerinden, MERS-CoV’un ise tek hörgüçlü develerden insanlara bulaştığı ortaya çıkmıştır. Henüz insanlara bulaşmamış olan ancak hayvanlarda saptanan birçok coronavirüs mevcuttur.

Coronavirus’ların insanlarda dolaşımda olan alt tipleri (HCoV-229E, HCoV-OC43, HCoV-NL63 ve HKU1-CoV) çoğunlukla soğuk algınlığına sebep olan virüslerdir. SARS-CoV, 21. yüzyılın ilk uluslararası sağlık acil durumu olarak 2003 yılında, daha önceden bilinmeyen bir virüs halinde ortaya çıkmış olup yüzlerce insanın hayatını kaybetmesine neden olmuştur. Yaklaşık 10 yıl sonra Coronavirus ailesinden, daha önce insan ya da hayvanlarda varlığı gösterilmemiş olan MERS- CoV (Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus) Eylül 2012’de ilk defa insanlarda Suudi Arabistan’da  tanımlanmış;  ancak  daha  sonra  aslında  ilk  vakaların  Nisan  2012’de  Ürdün Zarqa’daki bir hastanede görüldüğü ortaya çıkmıştır. SARS Coronavirus’u ile uzaktan bağlantılı olmasına rağmen, yaşanmış olan SARS tecrübesinden ötürü endişe oluşturmuştur.

31 Aralık 2019’da DSÖ Çin Ülke Ofisi, Çin’in Hubei eyaletinin Vuhan şehrinde etiyolojisi bilinmeyen pnömoni vakalarını bildirmiştir. 7 Ocak 2020’de etken daha önce insanlarda tespit edilmemiş yeni bir coronavirus (2019-nCoV) olarak tanımlanmıştır. Daha sonra 2019-nCoV hastalığının adı COVID-19 olarak kabul edilmiştir.

I. Genel Bilgiler

1. Coronovirus’lar

Coronavirus’lar tek zincirli, pozitif polariteli, zarflı RNA virüsleridir. Pozitif polariteli oldukları için RNA’ya bağımlı RNA polimeraz enzimi içermezler, ancak genomlarında bu enzimi kodlarlar. Yüzeylerinde çubuksu uzantıları vardır. Bu çıkıntıların Latince’deki “corona”, yani “taç” anlamından yola çıkılarak bu virüslere Coronavirus (taçlı virüs) ismi verilmiştir (Şekil 1 ve 2).

Şekil1. Coronavirus’un şematik yapısı (Zhou Y, Yang Y, Huang J, Jiang S, Du L. Advances in MERS-CoV Vaccines and Therapeutics Based on the Receptor-Binding Domain. Viruses. 2019 Jan 14;11(1)).
Şekil 2: Yeni Coronavirus (betacoronavirüs) elektron mikroskobu görüntüsü (https://www.gisaid.org/,son
erişim tarihi: 20.01.2020)

Coronaviruslar, Coronaviridae ailesi içinde yer alırlar. Başlıca dört türde sınıflandırılırlar: Alfa, Beta, Gama ve Delta Coronaviruslar. İnsan, yarasa, domuz, kedi, köpek, kemirgen ve kanatlılarda bulunabilmektedirler (evcil ve yabani hayvanlarda).

İnsanlarda Coronavirus’un neden olduğu hastalık spektrumu basit soğuk algınlığından ağır akut solunum sendromuna (Severe Acute Respiratory Syndrome, SARS) kadar değişkenlik gösterebilmektedir. İnsan ve hayvanlarda çeşitli derecelerde respiratuar, enterik, hepatik, nefrotik ve nörolojik tutulumlarla seyreden klinik tablolara neden olabilmektedir.

Sanger sekanslama, Illumina sekanslama ve nanopore sekanslama kombinasyonu ile bronkoalveoler lavaj sıvısı örneklerinde yeni cins Coronavirus’ların (COVID-19) ilk tam genomu tespit edilmiş ve üç farklı suş tanımlanmıştır. Bu virus Coronavirus ailesinin tipik özelliklerine sahiptir ve Betacoronavirus 2b soyunda yer almaktadır. Bu suşların ve Betacoronavirüsların genomlarının, Bat SARS benzeri coronavirüs izolatı Bat-SL-CoVZC45 ile yakın ilişkili olduğu gösterilmiştir (Şekil 3).

Şekil 3: Yeni Coronavirus’un filogenetik ilişkisi (Tan W , Zhao W, Ma X, et al. A Novel Coronavirus Genome Identified in a Cluster of Pneumonia Cases — Wuhan, China 2019−2020, Notes from the Field, China CDC Weekly)

COVID-19 virüsü, SARS-CoV ve MERS-CoV’unda içinde bulunduğu beta-coronavirus ailesi içinde yer almaktadır. Fatalite hızı SARS salgınında %11 ve MERS-CoV’da %35-50 arasında iken şu an için eldeki veriler ile COVID-19 virüsünün fatalite hızı %2 civarındadır. İlk izlenimlerde asemptomatik  vakaların  da  olması  nedeniyle  hafif  seyirli  olabileceği  düşünülmekle  birlikte izlenmeye devam edilmesi gerekmektedir.

2. Epidemiyoloji

Çin’in Hubei Eyaleti, Vuhan Şehrinde, 31 Aralık 2019’da etiyolojisi bilinmeyen pnömoni vakaları bildirilmiştir. Vuhan’ın güneyindeki Vuhan Güney Çin Deniz Ürünleri Şehir Pazarı (farklı hayvan türleri satan bir toptan balık ve canlı hayvan pazarı) çalışanlarında kümelenme olduğu belirtilmiştir. Vakalarda ateş, dispne ve radyolojik olarak bilateral akciğer pnömonik infiltrasyonu ile uyumlu bulgular tespit edilmiştir. Şu ana kadar bildirilen ölüm vakaları genellikle ileri yaştaki bireyler yada eşlik eden sistemik hastalığı olan bireyler olmuştur.

İlk importe vaka 13 Ocak 2020’de Tayland’dan bildirilen, 61 yaşındaki Çinli bir kadındır. Japonya Sağlık Bakanlığı tarafından 14 Ocak 2020’de, 30’lu yaşlarda bir erkek hasta ikinci importe vaka olarak bildirilmiştir. Tayland ve Japonya’dan bildirilen iki importe vakanın Vuhan eyaletine seyahat öyküsü olup, ilk kümelenmenin tespit edildiği deniz ürünleri pazarına ziyaret öyküsü bulunmamaktadır. Ayrıca kıtalar arası importe vaka bildirimi de yapılmıştır. Güncel verilere Dünya Sağlık Örgütü’nün (DSÖ) web sitesinden ve Türkiye Hudut ve Sahiller Sağlık Genel Müdürlüğü’nün web sitesinden ulaşılabilmektedir.

31 Aralık 2019 tarihinde tespit edilen pnömoni kümelenmesinin etkeni, 7 Ocak 2020’de daha önce insanlarda tespit edilmemiş yeni bir coronavirus olarak tanımlanmıştır. Bu tarihten sonra vaka sayılarında artış bildirilmekte olup, sağlık çalışanlarında hastalığın ortaya çıkması insandan insana bulaşma olduğunu göstermektedir.

3. COVID-19 Enfeksiyonunda Kaynak ve Bulaşma

KAYNAK

Henüz netlik kazanmamıştır. COVID-19’ların  kökeni  hala araştırılmaktadır.  Bununla  birlikte  eldeki  veriler,  Huanan  Deniz Ürünleri Toptan Satış Pazarında yasadışı olarak satılan vahşi hayvanları işaret etmektedir.

bULAŞMA

Hastalığın başlangıcındaki ilk kaynak olarak Huanan Deniz Ürünleri Toptan Satış Pazarında yasadışı satılan vahşi hayvanlar düşünülmekle birlikte, insandan insana ve sağlık merkezlerinde bulaşma bildirilmiştir.   Hastalığın damlacık yoluyla bulaştığı düşünülmektedir. Virus hasta bireylerden öksürme, hapşırma yoluyla ortaya saçılan damlacıklarla ve hastaların kontamine ettiği yüzeylerden (göz, ağız, burun mukozasına temasla) bulaşabilir. Asemptomatik kişiler solunum yolunda virus taşıyabilir, ancak esas bulaşma hasta bireylerden olmaktadır.

SARS-CoV  ve  MERS-CoV  epidemiyoloji  bilgisine  göre  14  güne  kadar  inkübasyon  süresi olabileceği düşünülmektedir. Yeni vaka serilerinde inkübasyon süresi değerlendirilmektedir.

Klinik tablolar yeni tanımlanmaktadır. Yayınlarada vaka sayıları kısıtlı ve birbirinden farklı olduğu için ortalama inkübasyon periodu farklı bulunabilmektedir. Şu ana kadar yayımlanmış olan bilimsel yayınlara göre kabul edilen inkübasyon süresi 2-14 gün arasındadır.

Coronaviruslar genel olarak dış ortam dayanıklılığı olmayan virüslerdir, Ancak bugün için COVID-19’un bulaştırıcılık süresi ve dış ortama dayanma süresi net olarak bilinmemektedir.

4. Klinik Özellikler

Enfeksiyonun yaygın belirtileri solunum semptomları, ateş, öksürük ve dispnedir. Daha ciddi vakalarda,  pnömoni,  ağır  akut  solunum  yolu  enfeksiyonu,  böbrek  yetmezliği  ve  hatta  ölüm gelişebilir.  Ancak  eldeki  veriler  doğrultusunda  hastalığın  şiddeti  konusunda  yorum yapılamamaktadır.

Eldeki  verilere  göre  ağır  seyreden  olguların  oranının  ve  fatalite  hızının  çok  yüksek  olmadığı (yaklaşık %2) şeklinde bir izlenim elde edilmiştir. Ancak, bu durum ilerleyen dönemde virüsün genetik yapısında ortaya çıkabilecek değişikliklere bağlı olarak farklılaşabilir.

5. Laboratuvar Testleri

COVID-19 olası vaka tanımına uyan hastalarda solunum yolu numuneleri COVID-19 açısından HSGM Mikrobiyoloji Referans Laboratuvarlarında değerlendirilmektedir. Hastada diğer solunum yolu patojenleri tespit edilse dahi koinfeksiyonların oluşabileceği dikkate alınarak COVID-19 olası vaka tanımına uyan tüm hasta numuneleri COVID-19 için de değerlendirilmelidir.

Nükleik asid amplifikasyon testleri

COVID-19 sekans bilgileri yeni paylaşılmış ve moleküler (PCR) testler dizayn edilmiştir. Spesifik PCR testleri kurulana kadar, laboratuvarların pan-coronavirus testi ve takiben sekans analizi ile konfirmasyon yapmaları önerilmiştir. Konfirmasyon özellikle pan-coronavirus testleri ile pozitif
bulunabilecek diğer coronavirusların ekarte edilmesi açısından önemlidir. Dört insan coronavirusu (HCoV) dünyada endemik olarak seyretmektedir; HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1 ve HCoV-OC43, bunlardan son ikisi betacoronavirüsdur. Ayrıca insanlarda zoonotik enfeksiyon yapan diğer iki betacoronavirüs SARS ve MERS-CoV virüsüdür.

Sekanslama

Sekans verisi virüsün kaynağını ve nasıl yayıldığını anlayabilmek için oldukça önemlidir. DSÖ, laboratuvarların elde ettikleri sekans verilerini ilgili platformlarda (GenBank, GISAID vb) paylaşmaları gerekliliğini bildirmiştir.

II. Vaka Tanıma ve Yönetimi

Olası Vaka:

Herhangi bir şiddette akut solunum yolu hastalığı (ateş, öksürük)

veya

SARI (Severe Acute Respiratory Infections)- Ağır Akut Solunum Yolu Enfeksiyonu (ateş, öksürük ve hipoksemi, takipne, dispne, hipotansiyon, akciğer grafisinde yeni veya progressif radyolojik infiltrasyonlar konfüzyon, akut böbrek yetmezliği gibi bulgular nedeniyle hastaneye yatış gerekliliği) varlığı (İmmunkompromize hastalarda klinik tablonun atipik seyirli olabileceği gözardı edilmemelidir.)

VE

Son 14 gün içerisinde;

  1. Doğrulanmış COVID-19 vakası ile yakın temas eden veya;
  2. Hastane ilişkili COVID-19 vakası bildirilen bir ülkede ilgili sağlık tesisinde bulunan veya;
  3. Epidemik alanlarda (Çin Halk Cumhuriyeti, Singapur, İran, Tayland, Japonya, Hong Kong, Güney Kore, İtalya) bulunan kişiler veya;
  4. İkamet  yeri  veya  seyahat  geçmişi  dikkate  alınmaksızın,  COVID-19  enfeksiyonu hastalarının tedavi edildiği birimlerde görev yapan sağlık personeli.

Kesin Vaka

Olası vaka tanımına uyan olgulardan moleküler yöntemlerle COVID-19 virusu saptanan olgular.

Olası/Kesin COVID-19 vakalarının yönetimi Vaka Takip Algoritması’na göre yapılır.


COVID-19 (2019-n COV Hastalığı) Rehberi’nin tamamına aşağıdaki bağlantıdan ulaşabilirsiniz:
https://hsgm.saglik.gov.tr/depo/birimler/Bulasici-hastaliklar-db/hastaliklar/2019_n_CoV/rehberler/COVID-19_RehberiV5-25Subat2020.pdf

Bir Cevap Yazın